Olá Cristiane
Quando a empresa possui CNAEs com e sem incidência do Fator R, todos os CNAEs devem estar corretamente cadastrados, porém o Fator R não é aplicado à empresa como um todo, e sim às atividades cuja tributação no Simples Nacional depende dele.
Nem todos os CNAEs estão sujeitos ao Fator R, apenas aqueles que podem ser enquadrados no Anexo III ou V e cuja regra legal condiciona o enquadramento ao percentual da folha sobre a receita bruta dos últimos 12 meses (mínimo de 28%).
Assim, a receita deve ser segregada por atividade no PGDAS: se a nota fiscal for emitida para uma atividade sujeita ao Fator R, aplica-se a verificação do percentual para definir se vai para o Anexo III ou V; se for de uma atividade que não depende do Fator R (como algumas do Anexo III fixo ou Anexo IV), ela será tributada conforme o anexo próprio, independentemente do cálculo do Fator R.
Portanto, o tratamento é feito por atividade e por tipo de receita, e não de forma única para toda a empresa.
Espero ter ajudado.