Olá Camila, tudo bem?
O fator R considera a folha de pagamento + o CPP (Contribuição Patronal Previdenciária) pagos dentro do período de apuração, mas respeitando a competência.
Ou seja:
O CPP do mês 03 (competência março) deveria ter sido considerado na apuração do fator R de abril (já que o pagamento ocorre em abril).
O CPP do mês 04 será considerado na apuração de maio, pois o pagamento ocorre em maio.
Então, entendo que não é possível "acrescentar" o CPP de março agora na apuração de maio, porque isso quebraria o critério de competência, mesmo que o valor tenha sido pago em atraso.
Espero ter ajudado!