Olá Juliana
Quando a empresa compra produção rural, existem duas notas:
Nota do produtor rural (nota de venda) – emitida pelo produtor.
Nota de entrada – emitida pela empresa só para registrar a entrada da mercadoria.
Para calcular o FUNRURAL, sempre use a nota do produtor. É ela que mostra o valor da venda, que é a base do FUNRURAL. A nota de entrada da empresa é apenas registro contábil. Ela não serve como referência de cálculo da contribuição.
Espero ter ajudado.