Olá Samuel, boa noite.
No caso da sua cliente, que é MEI e está sujeita à isenção de ICMS no estado do Rio Grande do Sul, a cobrança de 13% a mais na nota pelo fornecedor se deve à impossibilidade dele de obter crédito de ICMS sobre a venda dos produtos para revenda.
Essa prática é comum quando o fornecedor não pode deduzir o ICMS da operação de venda, como é o caso das vendas para MEIs isentos. Infelizmente, não há muito o que sua cliente possa fazer para evitar essa cobrança adicional, pois isso é uma decisão do fornecedor.
Espero ter ajudado.