Bom dia Andreia, tudo bem?
Você precisa colocar os CNAEs referentes a todas as atividades que serão exercidas pela empresa, incluindo a importação e venda de máquinas.
Quanto a natureza ser empresário individual ou LTDA, você precisa analisar com seu cliente o que vai ser melhor para ele. Como empresário individual, caso a empresa se endivide os bens pessoais poderão ser usados para liquidar as dívidas, inclusive com os governo. Na LTDA não, apenas o que pertencer a empresa.
Espero ter ajudado.