Olá Andreia
Primeiro precisa entender que a atividade MEI está vinculado ao CNPJ, sendo distintas do CPF. Nesse caso, o faturamento da empresa é R$ 6.000.
Se o sócio retirar a título de salário desses 6mil, um valor que seja passível de IR, ele pode optar em adiantar o recolhimento do imposto, emitindo uma Guia Complementar, ou lançar diretamente da Declaração de ajuste Anual.
Espero ter ajudado.