Olá, boa tarde!
A opção se dará no primeiro envio das declarações.
Logo no MIT, você tem a opção de escolher o regime de tributação escolhido. Todos os meses, você vai colocar essa mesma opção lá.
As demais declarações e impostos não terão interferência. Obviamente, que as alíquotas de tributos vão ser diferentes, mas o recolhimento, se dará quase da mesma forma.
Sugiro acompanhar o módulo de Lucro Real na área do aluno:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/193881-lucro-real
Espero ter ajudado.