Bom dia Maikon, tudo bem?
A RBT12 considera as receitas dos 12 meses anteriores. Ou seja, ao retificar um mês, você afetará a RBT12 de todos os meses subsequentes.
Você precisar verificar o faturamento de cada mês que será corrigido a partir de 06/2020. A RBT12 para cálculo do imposto de 06/2020 considerou os meses de 06/2016 a 05/2020.
Mesmo que a malha fiscal seja apenas de alguns meses específicos, a partir de 06/2020 você precisará retificar todos os PGDAS, para que a RBT12 esteja atualizada até o período corrente e assim a alíquota de apuração esteja correta.
Espero ter ajudado.