Olá Jeniffer
Como não está mais enquadrado como Simples Nacional, os impostos precisam ser recolhidos pelo Regime Tributário Lucro Presumido ou Lucro Real, quem vai definir isso é a empresa.
Para optar pelo regime, basta recolher a Guia do IR pelo código que corresponde ao Regime.
Lembrando que esses regimes trás consigo várias obrigações acessórias. Caso tenha dúvidas da apuração, temos cursos na Plataforma que pode lhe ajudar.
Espero ter ajudado.