Olá Ana
Os impostos são pagos pelo CNPJ da Matriz, o que tem feito de forma correta, apesar de dividir as guias, mas CNPJ e Códigos são o da matriz.
O MIT também será enviado pelo CNPJ da Matriz, e como o recolhimento está em seu CNPJ, a empresa não terá problemas. Quando cruzar as informações, os valores de recolhimentos irá constar na base de dados da Receita.
Espero ter ajudado.