Boa tarde, Kethelen,
Ótima pergunta e importante ficar atento a esse tipo de situação, pois ela é mais comum do que parece e pode gerar autuação futura mesmo sem inconsistência imediata no sistema.
O que aconteceu na prática
Quando o fornecedor cancelou a NF-e após a escrituração, ele eliminou a validade jurídica daquele documento. Isso significa que a operação de compra, para fins fiscais, deixou de existir. O crédito de ICMS que foi aproveitado com base nessa nota também deixa de ter amparo legal, já que não há mais documento hábil que o suporte.
O fato de a SEFAZ/RS não ter apontado inconsistência até agora não significa que está tudo certo. O cruzamento de informações entre o SPED do tomador e do emitente pode ocorrer em momentos posteriores, inclusive durante uma fiscalização.
O procedimento correto
Sim, a retificação do SPED Fiscal é necessária. Você precisará:
Estornar o lançamento da nota cancelada no registro C100 (e seus filhos C110, C170, C190 etc.), eliminando tanto a entrada quanto o crédito de ICMS escriturado no registro E110 e E111.
Transmitir o arquivo retificador à SEFAZ/RS. O SPED retificador substitui integralmente o arquivo anterior, então ele deve conter todas as informações corretas do período, não apenas a correção.
Se o crédito já foi utilizado para compensação ou abatimento de ICMS a recolher, pode ser necessário fazer o recolhimento da diferença com os acréscimos legais cabíveis, dependendo do momento em que a retificação for feita.
Embasamento legal e normativo
O ponto de partida é o Ajuste SINIEF 02/2009, que regulamenta o SPED Fiscal nacionalmente e prevê a possibilidade de retificação do arquivo.
No âmbito do RS, o Decreto 37.699/1997 (RICMS/RS) trata das obrigações acessórias e da escrituração fiscal. O aproveitamento de crédito de ICMS está condicionado à existência de documento fiscal válido, conforme os artigos que regulam o crédito fiscal no Estado.
O Manual de Orientação do Leiaute do SPED Fiscal (Ato COTEPE/ICMS) também é referência importante, pois orienta como proceder com documentos cancelados — em geral, eles devem constar no arquivo com a situação "02 – Cancelado", sem os valores de crédito associados.
Vale também consultar o Portal SEFAZ/RS na seção de orientações sobre EFD-ICMS/IPI, onde costumam constar perguntas frequentes sobre exatamente esse tipo de situação.
Uma recomendação prática
Antes de transmitir o retificador, verifique com o fornecedor a data exata do cancelamento da NF-e na SEFAZ. Se o cancelamento ocorreu dentro do prazo legal (até 24 horas após a autorização ou antes do início do transporte, dependendo da situação), o documento nunca deveria ter sido escriturado como válido. Se foi cancelado fora do prazo, há um problema também do lado do fornecedor que pode ter desdobramentos próprios.
Agindo de forma proativa com a retificação, você demonstra boa-fé e evita penalidades maiores caso a inconsistência seja identificada posteriormente pela fiscalização.