Olá Jislayne, tudo bem?
Como não dá mais pra cancelar e não é permitido corrigir via carta de correção, entendo que o que você fez já é o procedimento certo:
NF-e de entrada referenciando a errada;
Emissão da nova nota correta.
Mesmo que o cliente queira o cancelamento da primeira nota, não existe mais o que fazer via Sefaz. A única alternativa seria judicial, o que raramente compensa.
O mais importante é deixar tudo regularizado na contabilidade e manter os documentos organizados.
Também orientaria uma consulta específica em uma consultoria tributária como IOB ou Econet, para verificar se possuem alguma outra orientação, mas acredito que não.
Espero ter ajudado!