Olá, boa tarde!
Pela última consulta que fiz, o estado do RJ não permite mais a emissão de nota avulsa. Não sei te dizer se é por conta do sistema do Fisco. Mas até então, não estava sendo permitido mais emitir.
Seria interessante buscar uma orientação com maior respaldo no próprio fisco, dependendo da sua situação.
Espero ter ajudado.