Bom dia!
Sim, você pode ajustar o valor diretamente na sua apuração.
Quando você faz uma devolução de compra, o valor do PIS e da COFINS destacados serve para anular o crédito de PIS e COFINS que você tinha tomado na entrada daquela mercadoria.
Como o seu fornecedor recusou essa devolução e você emitiu a Nota Fiscal de Entrada para anular a operação, na prática essa mercadoria continua no seu estoque. Portanto, você voltou a ter direito ao crédito de PIS e COFINS do valor de entrada.
Se a Nota Fiscal de Entrada emitida não saiu com o destaque correto e o prazo para cancelamento ou carta de correção já passou, a legislação fiscal permite que as correções operacionais e a recuperação de créditos apropriados a menor sejam feitas diretamente na escrituração fiscal do período.
Com base na Instrução Normativa da Receita Federal número 2121 de 2022, nos artigos 166 e 172 (que tratam do direito ao crédito na aquisição e nas devoluções de vendas), além do Guia Prático da EFD-Contribuições:
Você deve realizar um lançamento de ajuste de crédito de PIS e COFINS no Bloco M da sua EFD-Contribuições (registros M220 para PIS e M620 para COFINS) referentes ao período em que constatou a omissão. Esse ajuste aumentará o seu saldo credor ou reduzirá o imposto a pagar, recuperando exatamente o valor que não constou na nota.