Olá Valderi
Sim, é possível fazer o cadastro na Prefeitura e liberar a emissão de Nota Fiscal de Serviços, mesmo sem ter finalizado todos os trâmites na Junta Comercial.
Muitos municípios permitem a emissão provisória com a documentação já protocolada, mas cada Prefeitura tem autonomia. Se a Prefeitura exigir o Contrato Consolidado já registrado na Junta, você terá que aguardar a finalização do processo. Caso aceite apenas o DBE deferido e a viabilidade aprovada, já pode prosseguir com o cadastro e liberar a emissão.
Espero ter ajudado.