Olá! Bom dia.
A emissão de nota fiscal de serviço de empresas que não são MEI é pela prefeitura, precisa verificar com eles como esta a adaptação com o novo layout, em alguns casos algumas prefeituras optaram por não ter um sistema integrado ao emissor nacional, ai nesse caso sim vai ser pelo emissor, mas o primeiro passo é entrar em contato com a prefeitura.
Espero ter ajudado.