Olá Dandara
As empresas do Simples Nacional, em regra, continuam emitindo a NFS-e pelo sistema da prefeitura. O que está mudando é que os municípios precisam adaptar seus sistemas ao padrão nacional da NFS-e ou integrar esses sistemas ao ambiente nacional. Não é obrigatório, neste momento, que todas as empresas do Simples façam cadastro e emitam diretamente pelo portal nacional, exceto no caso do MEI, que já é obrigado a usar o emissor nacional. A partir de 2026, todas as NFS-e deverão seguir o layout nacional, mas isso pode ocorrer tanto pelo sistema da prefeitura (adaptado/integrado) quanto, se o município determinar, pelo emissor nacional.
Espero ter ajudado.