Olá Edney, boa noite.
A entidade que realiza o pagamento e a transmissão das retenções deve ser a mesma que consta na nota fiscal. Se a secretaria estadual está pagando e transmitindo as retenções, mas as notas fiscais estão no nome do fundo estadual, isso pode causar inconsistências nos registros fiscais.
As retenções devem estar associadas ao CNPJ que consta na nota fiscal. Se as retenções aparecem no CNPJ da secretaria, mas as notas fiscais estão no nome do fundo estadual, isso pode ser considerado incorreto pela Receita Federal.
Pode haver divergências nas informações prestadas à Receita Federal, o que pode resultar em autuações e multas.
A contabilidade pode ficar confusa, dificultando a conciliação de pagamentos e retenções.
A Receita Federal pode entender que há tentativa de sonegação ou erro na prestação de informações, aplicando penalidades.
Para regularizar a situação, você deve:
Certifique-se de que as notas fiscais sejam emitidas com o CNPJ da entidade que está realizando o pagamento e a transmissão das retenções.
Se necessário, retifique as declarações anteriores para corrigir as informações de retenções e pagamentos.
Espero ter ajudado