Pagamento de PIS e COFINS

Pela primeira vez eu fiz a declaração do MIT.

Observei que é gerada uma guia para pagamento unificado do PIS e da CONFINS, que foram os tributos federais apurados. Lá no módulo DCTFWEB do ECAC.

Porém, o sistema que eu utilizo gera o DARF separados para cada um dos tributos.

Gostaria de saber se o pagamento pode ser feito tanto pelas guias separadas quanto pela guia unificada.

A Receita Federal vai reconhecer normalmente, né?
Afinal, os códigos de recolhimento estão corretos.

Desde já agradeço pela ajuda