Olá João. Bom dia.
O seu entendimento baseado no Art. 15 da IN 2021/2021 está correto. Para fins de auditoria e fiscalização, o documento fiscal emitido diretamente no CNPJ da filial vinculada ao RET é a prova cabal de que aquele custo pertence exclusivamente àquela incorporação, protegendo o benefício fiscal e a segurança jurídica do Patrimônio de Afetação.
O Artigo 15 mencionado é claro ao estabelecer a relação entre o CNPJ e a escrituração:
"Art. 15. As receitas, custos e despesas relativos a cada incorporação submetida ao RET devem ser escriturados em destaque na escrituração contábil da incorporadora, de forma a permitir a identificação das receitas, dos custos e das despesas específicos de cada incorporação."
Para que essa segregação seja absoluta, a utilização do CNPJ da filial (específico do Patrimônio de Afetação) é o mecanismo que garante a rastreabilidade automática dos custos da obra.
Por que usar o CNPJ da Filial (RET)?
Segregação Patrimonial (Lei 10.931/2004): O Patrimônio de Afetação serve para garantir que os recursos e obrigações daquela obra não se confundam com os da matriz ou de outras obras. Se uma nota fiscal de compra de cimento para a "Obra A" sai no CNPJ da Matriz, contabilmente houve uma confusão patrimonial, dificultando a prova de que aquele insumo pertence exclusivamente ao acervo afetado.
Apropriação de Custos: No RET, o imposto é pago sobre a receita mensal, mas o controle do Custo Orçado e do Custo Incorrido é vital para a apuração do resultado da incorporação. Notas no CNPJ da Matriz exigem lançamentos de transferência interna, o que aumenta o risco de erro e o tempo de auditoria.
Obrigações Acessórias (EFD-Reinf e EFD-Contribuições): As obrigações fiscais devem espelhar a realidade da obra. Quando os documentos estão no CNPJ da filial, o fechamento dos eventos da Reinf (retenções de INSS, por exemplo) e o preenchimento do Registro F130 (créditos de PIS/COFINS, se aplicável, ou apenas a segregação de custos) na EFD-Contribuições tornam-se diretos e transparentes.
As divergências geralmente surgem por dois motivos:
Crédito com Fornecedores: Alguns fornecedores possuem cadastro apenas com a Matriz e resistem em faturar para a filial por questões de análise de crédito.
Compras Centralizadas: Departamentos de suprimentos que compram em volume para várias obras e tentam faturar tudo na Matriz para depois "ratear". Atenção: No RET, o rateio de custos de materiais é perigoso e pode ser questionado pelo Fisco como tentativa de inflar custos de uma obra em detrimento de outra.
Para estar em conformidade total com a IN 2021/2021 e os princípios do Patrimônio de Afetação:
Compras de Materiais e Serviços Diretos: Devem ser faturadas no CNPJ da Filial (RET). Isso inclui concreto, aço, mão de obra terceirizada especializada, locação de equipamentos para o canteiro, etc.
Despesas Administrativas Rateadas: Apenas custos que são verdadeiramente globais (ex: software de gestão da empresa, honorários da diretoria) podem transitar pela Matriz e serem rateados via centros de custo, conforme critérios contábeis aceitos (CPC 17 e CPC 47).
Oriente seu departamento de suprimentos a atualizar o cadastro em todos os fornecedores com os dados da filial da obra assim que o CNPJ for emitido e a opção pelo RET for protocolada.
Espero ter ajudado.