Boa tarde, Tatiani,
Vou explicar como funciona essa consulta e por que provavelmente só estão aparecendo os parcelamentos e os débitos vencidos.
A página de Serviços do e-CAC que reúne as pendências fiscais mostra, de forma consolidada, principalmente os débitos em aberto, as parcelas de parcelamentos e situações de cobrança. Ela não é o local correto para verificar se uma obrigação acessória específica foi entregue ou está em atraso. Para isso, é necessário consultar cada obrigação individualmente, dentro do próprio sistema dela, porque cada uma tem seu módulo de recibos e comprovantes.
No caso de uma empresa que estava no Simples Nacional e foi desenquadrada, o ponto mais importante é identificar a partir de qual data o desenquadramento passou a produzir efeitos, pois é a partir dali que a empresa passa a ter que cumprir as obrigações do regime normal, geralmente Lucro Presumido, salvo se a empresa se enquadrar em alguma hipótese de Lucro Real obrigatório.
As obrigações que costumam aparecer pendentes nesse cenário são a DCTF, a ECF, a EFD Contribuições, e dependendo do caso a DCTFWeb e a EFD Reinf relacionadas à folha, mesmo que a empresa esteja sem movimento. Empresa sem movimento não fica dispensada de entregar declarações, ela apenas entrega essas declarações como sem movimento ou negativa, conforme a obrigação, até que seja formalmente baixada na Junta Comercial e na Receita Federal.
Para verificar de fato o que está pendente, o caminho mais confiável é entrar no e-CAC, acessar a opção Declarações e Demonstrativos, e dentro dela abrir Consulta de Comprovantes de Declaração ou Consulta a Processos e Documentos Entregues, dependendo do nome atual do serviço no portal da empresa em questão. Ali é possível ver, obrigação por obrigação, quais recibos foram entregues e em quais competências existe lacuna. Também vale checar diretamente na tela de cada obrigação, por exemplo abrindo o programa da DCTF ou da ECF e usando a opção de consulta de declarações transmitidas, já que cada sistema mantém seu próprio histórico.
Se o objetivo é regularizar a empresa antes de uma baixa ou de uma retomada de atividade, o ideal é levantar a data do desenquadramento, montar uma linha do tempo das competências desde então e cruzar com os recibos de entrega de cada obrigação, começando pela DCTF e pela ECF, que costumam ser as que mais geram problema quando ficam em aberto por muito tempo.