Olá Antônia.
Uma ação não exclui a outra. Podemos dizer que deixar de pagar o imposto é “menos pior”, mas em caso de fiscalização a emissão da nota fiscal será considerada.
A contabilidade pode sim apurar os tributos sempre que houver um fato gerador, que no caso é a venda ou prestação de serviço, independentemente da emissão da nota.
Espero ter ajudado