Olá José
Na Receita Federal é possível utilizar o certificado digital do contador (e-CPF ou e-CNPJ do escritório), desde que exista procuração eletrônica válida com os poderes específicos devidamente marcados. Nesses casos, o contador acessa como procurador e não é necessário usar o certificado do cliente.
Já no âmbito estadual e municipal (NFS-e/ISS, a regra varia conforme a UF e o município, mas em grande parte das situações exige-se o certificado digital do próprio CNPJ da empresa, especialmente para emissão de notas fiscais.
Portanto, para obrigações federais a procuração geralmente permite o uso do certificado do contador; para obrigações estaduais e municipais, normalmente é necessário o certificado do cliente, salvo se a legislação/local permitir atuação por procurador.
Espero ter ajudado.