Olá Ana Paula, tudo bem?
Se a sua dúvida for em relação ao registro dos funcionários do produtor rural pessoa física, o primeiro passo é criar o CAEPF (Cadastro de Atividade Econômica da Pessoa Física).
O CAEPF é feito pelo e-CAC, na opção Cadastros > CAEPF, utilizando o CPF do produtor rural.
Após a criação do CAEPF o produtor rural passa a ter um número de inscrição (que substituiu o antigo CEI). Com esse número, você deve cadastrar o produtor no sistema de folha de pagamento, vinculando o CPF + CAEPF.
Em seguida, pode realizar o cadastro dos funcionários, admissão no e-Social, geração da folha de pagamento, encargos (INSS, FGTS) e demais obrigações.
Espero ter ajudado.