Olá Daniela, tudo bem?
O CNPJ/CAEPF do Produtor rural pessoa física só pode ser usado para atividades rurais. Industrialização não pode ser incluída nesse mesmo CNPJ.
Para industrializar e prestar consultoria, será necessário abrir um novo CNPJ empresarial, onde é possível colocar a indústria como atividade principal e a consultoria como atividade secundária.
Espero ter ajudado.