Boa tarde, Darlane,
O ISS, por sua natureza, é um imposto de competência municipal, e a regra geral estabelecida na Lei Complementar 116/2003 é que ele deve ser recolhido pelo prestador do serviço, no município onde está localizado o seu estabelecimento. Essa é a regra base, mas a própria LC 116/2003 abre uma exceção muito relevante: ela autoriza os municípios a atribuir ao tomador do serviço a responsabilidade pelo recolhimento, na condição de substituto tributário.
No caso específico de São Paulo, o Município regulamentou essa substituição tributária por meio da Lei Municipal 13.701/2003 e do Decreto 44.540/2004, que consolidaram as hipóteses em que o tomador localizado na cidade de São Paulo deve reter o ISS na fonte. Entre os serviços sujeitos à retenção, estão justamente os de construção civil, obras de instalação e manutenção elétrica, que se enquadram nos itens 7 da lista anexa à LC 116/2003, como serviços de engenharia, instalação e manutenção de equipamentos em geral.
A empreitada de manutenção elétrica, incluindo o reparo de bomba de água, se encaixa nessa lista porque envolve execução de obra ou serviço de instalação com caráter técnico. O Município de São Paulo determina que, quando o tomador for pessoa jurídica estabelecida no município, ele passa a ser o responsável pelo recolhimento do ISS, descontando o valor do imposto do pagamento ao prestador e recolhendo diretamente ao erário municipal. Daí a retenção de 3% que apareceu na nota.
A alíquota de 3% é a prevista para serviços de manutenção e instalação no Município de São Paulo, conforme a tabela do Decreto 44.540/2004 e suas atualizações.
Quanto à sua segunda pergunta, sobre quando o ISS deve ser recolhido pelo próprio prestador, a resposta depende de dois fatores principais. O primeiro é a localidade do tomador: se ele está em um município que não adotou o regime de substituição tributária para aquele tipo de serviço, o prestador recolhe normalmente pelo seu próprio CNPJ. O segundo fator é o enquadramento do prestador: profissionais autônomos, MEIs e microempresas em determinadas situações podem ter tratamento diferenciado, e empresas do Simples Nacional, em regra, têm o ISS incluído no DAS, mas ainda assim podem estar sujeitas à retenção na fonte quando o tomador for obrigado a reter, cabendo ao prestador informar a condição de Simples Nacional na nota fiscal para que o tomador aplique a alíquota correta ou o tratamento adequado previsto na LC 123/2006.
Em resumo, a retenção do ISS na sua nota não é uma irregularidade, é exatamente o mecanismo legal previsto para esse tipo de serviço quando o tomador está em São Paulo. O fundamento está no artigo 6º da LC 116/2003, que autoriza a substituição tributária, combinado com a legislação municipal paulistana que implementou essa obrigação para os tomadores estabelecidos no município