Olá Marcos
Quando a empresa é desenquadradada do Simples Nacional, ela se torna do Regime Normal. Esse Regime normal pode ser Lucro Presumido ou Lucro Real, quem vai decidir isso é a empresa. Para realizar a opção por um desses Regimes, basta recolher a primeira cota do IRPJ no código específico de cada Regime.
Por isso, defina o Regime Tributário e enviei as declarações pendentes.
Espero ter ajudado.