Olá Aercio
Sim, pois são declarações distintas.
A DCTF é para informações de tributos como PIS, Cofins, IRPJ, CSLL e outros - Setor Fiscal
A DCTFWEB é para informações ligadas a folha de pagamento, como INSS.
Os valores de Honorários é muito relativo pois tem muitas variáveis, como quantidade de informações que precisa enviar. Nesse caso, te oriento a calcular de acordo com cada declaração que precisa ser enviada e tempo que isso vai levar. Precifique pela quantidade de informações a serem enviadas.
Espero ter ajudado.