Olá Lorena
Esse 5% não seria retenção de ISS (Imposto Sobre Serviços)?
Desconheço até o momento essa alíquota de 5% de retenção sobre serviços prestados.
Só cabe retenção se o serviço for por cessão de mão de obra. Como mencionou que é empresário individual, acredito que é prestado pelo próprio sócio e com isso tem a partirularidade da dispensa da retenção do INSS quando o serviço é prestado pelo próprio sócio.
Recomendo solicitar a empresa a base legal dessa retenção.
Espero ter ajudado.