Olá Isis, boa noite.
Quando uma nota fiscal é emitida sem a devida informação das retenções e a contratante realiza as retenções de ISS e das contribuições federais, pode ocorrer um descompasso entre o que foi retido e o que foi registrado na prefeitura, gerando a cobrança indevida do ISS que já foi retido e pago pela contratante.
Nessa situação, é necessário corrigir a nota fiscal para evitar a duplicidade de cobrança. Primeiramente, verifique com a prefeitura se é possível cancelar a nota fiscal original ou emitir uma nota fiscal substituta. Isso varia de acordo com as regras do município. Emita uma nova nota fiscal, incluindo todas as retenções de ISS e das contribuições federais que foram efetuadas pela contratante. A nova nota fiscal deve refletir corretamente o valor do ISS retido e pago.
Informe à prefeitura sobre o cancelamento da nota fiscal original e a emissão da nova nota fiscal corrigida. Certifique-se de que todas as retenções sejam devidamente registradas para ajustar o débito de ISS. Guarde toda a documentação referente às retenções feitas pela contratante e ao pagamento do ISS, incluindo o comprovante de pagamento do ISS pela contratante e a nota fiscal corrigida.
Espero ter ajudado!