Olá José, tudo bem?
Essa situação é pouco incomum, mas entendo que como as notas já foram emitidas na série 2, essa série passa a ser válida para a sequência atual da emissão. A numeração não pode ser alterada após a autorização das notas.
Recomendo consultar a SEFAZ para confirmar se é possível cancelar alguma nota da série 2, caso isso seja necessário, e também entrar em contato com o SEBRAE para ajustar a configuração do emissor, garantindo que as próximas notas possam voltar a ser emitidas na série 1, se isso for permitido.
Além disso, mantenha um registro interno explicando a troca de série para evitar problemas em futuras fiscalizações.
Espero ter ajudado!
