Olá, boa tarde!
Você pode apurar o Simples normalmente, com o faturamento total das notas emitidas.
Não precisa “substituir” as notas que foram emitidas, basta fazer o fechamento normal do Simples.
Como a opção do Simples retroagiu a 01/01, tecnicamente a empresa não ficou obrigada a destacar os impostos, e logo, pagar os impostos por fora do Simples também.