Olá Jeferson, tudo bem?
Após a abertura do CNPJ, você precisa fazer a solicitação de opção pelo simples nacional.
Quanto ao certificado, é indicado que se tenha sim, para envio das declarações como e-social, DCTFweb, o próprio acesso ao Simples Nacional… Para a emissão de nota fiscal, geralmente os sites das prefeituras não exigem, porém, cada prefeitura tem suas particularidades. Neste caso é recomendado verificar na própria prefeitura como seria o acesso para emissão das notas.
Espero ter ajudado!