Olá Fernanda, tudo bem?
O importante é realizar a emissão das notas fiscais de todos valores recebidos, de acordo a data/mês recebido também.
Sobre a situação do final do acordo, você pode emitir 1 nota como 2 notas. Fica ao critério do seu cliente e da empresa...
O que não pode, é ficar sem emitir a nota de tudo que for recebido.
Espero ter ajudado!