Bom dia, Thais,
Sim, é correto.
O CST 41 indica que a operação é não tributada pelo ICMS, ou seja, a transportadora está informando que aquela prestação de serviço é isenta, não incidida ou imune — dependendo do contexto da operação.
No caso de um CT-e complementar, ele é emitido para complementar informações de um CT-e original já emitido, seja para corrigir valores, adicionar dados ou ajustar informações fiscais. Quando a transportadora emite esse complementar com CST 41, ela está sinalizando que a prestação de serviço de transporte não tem tributação de ICMS naquele trecho ou naquela situação específica.
Em Rondônia, assim como em outros estados, é muito comum que prestações de serviço de transporte sejam beneficiadas por isenção ou não incidência de ICMS em determinadas situações, como por exemplo no transporte interestadual de determinadas mercadorias ou quando há convênios do CONFAZ que concedem esse benefício.
Para a empresa LR que está recebendo esse CT-e complementar, o procedimento correto é verificar se o benefício fiscal aplicado pela transportadora tem amparo na legislação vigente, seja por isenção, não incidência ou outro motivo que justifique o CST 41. Isso pode ser confirmado observando o campo de informações adicionais do próprio CT-e, onde a transportadora costuma indicar o fundamento legal do benefício.
Se o CT-e original também tinha CST 41, o complementar seguindo o mesmo código é totalmente esperado. Se o original tinha tributação normal e o complementar veio com CST 41, aí vale questionar a transportadora para entender a razão da mudança.