Boa noite!
A percepção de que a venda de gado vivo de PJ para PF gera tributos federais menores que a venda de PJ para PJ pode estar relacionada, principalmente, à não incidência ou suspensão de PIS/COFINS em determinadas operações, bem como à diferença na base de cálculo do FUNRURAL, embora no Lucro Presumido o IRPJ/CSLL siga regras fixas.
A maior diferença não costuma ser no IRPJ/CSLL, mas sim na suspensão de PIS/COFINS e ICMS.
Espero ter ajudado.