Boa tarde! Tem algumas opções:
O funcionário pode entrar com um recurso administrativo em até 30 dias, e realizar um novo pedido com documentos melhores ou entrar com uma ação na Justiça. Mas antes é bom entender o motivo do benefício ter sido negado pra ir mais preparado na próxima vez...
Se for negado novamente...
Se o prazo do atestado com + de 15 dias que deu direito a perícia já terminou ou está perto de terminar, o funcionário precisa realizar o exame de retorno, se der APTO ele deve voltar ao trabalho normalmente, se der INAPTO ele precisar procurar um médico e ver se consegue outro atestado e tentar novamente a perícia.
Não recomendo o limbo previdenciário, pode ser prejudicial para a empresa no futuro, mesmo que seja feito com boas intenções.