Olá Mariana, tudo bem?
O correto seria fazer o registro desse colaborador e recolher os encargos, já que MEI por lei, pode ter funcionário registrado.
Mas se não há intenção de registrar o funcionário, o mais prudente é não mencioná-lo na contabilidade, porque qualquer lançamento relacionado a pagamentos de pessoa física sem vínculo formal pode levantar questionamentos e acabar servindo como prova indireta de relação de emprego.
Nessa situação, costuma-se:
Não lançar esses pagamentos na contabilidade como folha ou pró-labore.
Tratar como retiradas pessoais do titular (o que, na prática, tira o custo trabalhista da contabilidade).
Ter ciência de que, se esse trabalhador acionar a Justiça do Trabalho, há risco de reconhecimento do vínculo retroativamente, pois os registros bancários (PIX) e outras provas ainda podem ser usados contra a empresa.
Espero ter ajudado.