Olá Valdecy. Bom dia.
No caso de empresária (sócia) em licença-maternidade, o procedimento muda tanto na retirada do Pró-labore quanto na forma de recolhimento do INSS.
Durante o período em que a empresária está recebendo o Salário-Maternidade pago diretamente pelo INSS, não deve haver retirada de pró-labore.
O motivo: O pró-labore remunera o trabalho. Se a sócia está afastada por licença-maternidade, presume-se que ela não está trabalhando.
Risco: Se houver pagamento de pró-labore e recolhimento de contribuição sobre ele no mesmo período do benefício, o INSS pode entender que a segurada não se afastou das atividades e suspender o pagamento do Salário-Maternidade, exigindo a devolução das parcelas.
Diferente das funcionárias CLT (onde a empresa paga e abate na guia), para a contribuinte individual (empresária), o pagamento é feito diretamente pelo INSS. Ela deve solicitar o benefício pelo portal "Meu INSS".
Como não haverá o fato gerador (pró-labore), não haverá valor de INSS sobre ele na guia da empresa.
No eSocial: Você deve informar o afastamento da sócia pelo evento S-2399 (se for o caso de interrupção de contrato) ou, mais comumente para sócios, apenas deixar de enviar o evento de remuneração S-1200 referente a ela durante os meses de licença.
A Guia da Empresa: A guia de INSS (DCTFWeb) da empresa não terá o valor da contribuição previdenciária da sócia (os 11% descontados e os 20% patronais, se houver). Ela apresentará apenas os valores referentes aos demais funcionários ou ficará "sem movimento" se a sócia for a única pessoa vinculada à empresa.
O INSS descontará a contribuição previdenciária (geralmente 11%) diretamente do valor do Salário-Maternidade que ele pagar à empresária.
Esse período de afastamento conta normalmente para fins de carência e tempo de contribuição para aposentadoria, pois o desconto é feito na fonte pelo próprio órgão previdenciário.
Se a empresária continuar trabalhando e retirando pró-labore, ela perde o direito ao benefício. O correto é que, neste período, ela receba apenas a sua parte nos Lucros (que não tem incidência de INSS), caso haja lucros acumulados para distribuir, pois a distribuição de lucros não é considerada remuneração por trabalho.
Espero ter ajudado.