Bom dia, Amanda,
Essa é uma ótima pergunta porque mistura três coisas que precisam ser tratadas separadamente: a escala 6x1, o banco de horas e os adicionais noturnos. Vou explicar cada parte.
Primeiro, entendendo o que é hora extra nesse contexto
Com o banco de horas configurado para 44 horas semanais, a lógica é: tudo que o funcionário trabalhar além das 44h semanais vai para o banco como hora extra a ser compensada. O banco não elimina o conceito de hora extra, ele apenas substitui o pagamento imediato pela compensação futura.
Mas aqui tem um ponto importante: a escala 6x1 por si só já pode gerar horas extras. Se o funcionário trabalha 6 dias e folga 1, dependendo da carga horária diária, pode ultrapassar as 44h semanais com bastante facilidade. Então o primeiro passo é apurar, semana a semana, quantas horas efetivamente foram trabalhadas e lançar no banco tudo que exceder as 44h.
Segundo, o adicional noturno
O trabalho realizado entre 22h e 5h tem direito ao adicional noturno de no mínimo 20% sobre o valor da hora normal, conforme o artigo 73 da CLT. Além disso, a hora noturna tem uma ficção legal: ela é contada como 52 minutos e 30 segundos, não como 60 minutos. Isso significa que o trabalhador que fica das 22h às 5h tecnicamente "trabalha" mais horas do que o relógio marca, para fins de cálculo.
Como o funcionário sai sempre depois das 22h, ele tem direito ao adicional noturno sobre todas as horas trabalhadas a partir desse horário.
Terceiro, o ponto mais delicado: o que entra no banco de horas?
Aqui está a parte que gera mais confusão. A resposta é: as horas extras entram no banco, mas o adicional noturno é pago separadamente, independentemente do banco.
Veja bem: o banco de horas compensa o tempo trabalhado a mais. Então se o funcionário fez 2 horas extras em um dia, essas 2 horas entram no banco para serem compensadas com folga depois. Até aí tudo certo.
Mas o adicional noturno é uma verba de natureza diferente. Ele remunera a condição mais onerosa de trabalhar à noite. Quando o funcionário vai compensar essas horas no banco, ele vai compensar de dia, no horário normal. Ou seja, ele não vai mais sofrer o desgaste noturno na compensação. Por isso, o entendimento majoritário na doutrina e na jurisprudência trabalhista é que o adicional noturno deve ser pago no mês em que foi gerado, e não simplesmente "guardado" no banco.
Portanto, o banco recebe as horas extras para compensação futura, mas o percentual de 20% sobre essas horas noturnas precisa ser pago na folha do mês correspondente.
Resumindo o fluxo prático
Apura-se as horas semanais. O que passar das 44h vai para o banco. No momento do pagamento mensal, calcula-se sobre as horas trabalhadas após as 22h o adicional noturno de 20%, e isso é pago normalmente na folha, sem esperar o banco zerar. Quando o banco zera em junho ou dezembro, as horas acumuladas são convertidas em folgas ou, se não compensadas, pagas com os acréscimos legais.
Uma última observação: se o banco não for compensado dentro do prazo previsto (no caso, 6 meses), as horas deverão ser pagas como horas extras com os adicionais cabíveis, e não simplesmente como horas normais.