Boa tarde!
A empresa pode, em princípio, recusar os atestados apresentados fora do prazo previsto no regulamento interno, considerando que a CLT não estabelece um prazo específico para que o empregado apresente o atestado médico para fins de justificativa da ausência.
Como existe um regulamento interno, devidamente assinado pelo funcionário, estabelecendo esse prazo, e desde que não haja norma coletiva dispondo de forma diversa, a empresa poderá aplicar as consequências previstas, como o desconto das faltas e, eventualmente, a advertência.
Nesse caso, é importante que a advertência seja específica e mencione as faltas correspondentes aos períodos em que os atestados não foram apresentados dentro do prazo estabelecido no regulamento.
De todo modo, recomendo prudência antes da aplicação da penalidade. É importante verificar com cuidado as circunstâncias do caso e confirmar se o empregado realmente tinha condições de encaminhar os atestados dentro do prazo ou se houve alguma situação excepcional que tenha impossibilitado a apresentação tempestiva. Essa análise é importante para evitar uma penalização desproporcional ou eventual questionamento trabalhista.
Fique bem ;)