Olá Regiane
Apesar de não fazer parte do nosso serviço na prestação dos serviços contábeis, pesquisamos sistemas para ajudar o empresário no seu dia a dia.
Não posso lhe recomendar um, pois particularmente acredito que sistema de Ponto assim como de emissão de Notas é bom ter o suporte técnico perto. Mas isso é opinião própria, nada impede de encontrar um sistema online para seu cliente.
O importante é que atenda a demanda da empresa.
Espero ter ajudado.