Olá Júlia, tudo bem?
Esclarecendo suas dúvidas:
1 - A empresa paga o 13º salário apenas pelos meses efetivamente trabalhados, incluindo os 15 primeiros dias de afastamento, que são de responsabilidade do empregador. A parte referente ao período em que o empregado ficou afastado pelo INSS é paga diretamente pelo INSS, por meio do abono anual.
O que é pago integralmente pela empresa nesse caso é o FGTS incidente sobre todo o período de afastamento, já que no acidente de trabalho há depósito de FGTS durante todo o afastamento. Ou seja, o 13º é dividido entre empresa e INSS, mas o FGTS é 100% responsabilidade da empresa.
2 - O FGTS incide sobre o valor pago de 13º salário em cada parcela. Como o salário do exemplo é de 4.000,00, o adiantamento do 13° salário seria de 2.000,00. Por isso o recolhimento do FGTS foi apenas sobre os 2.000,00. O restante será pago com a folha de 13º salário integral.
3 - Vai depender do tipo de afastamento dos empregados.
E só reforçando, quanto a 2ª regra da comunidade, pedimos sempre que cada postagem traga apenas uma dúvida por vez, assim conseguimos responder com mais agilidade e profundidade no tema.
Espero ter ajudado