Olá Daiane, tudo bem?
Como o INSS negou a prorrogação, para fins legais o empregado está apto ao trabalho. A empresa deve convocá-lo formalmente para realizar exame de retorno ao trabalho com o médico do trabalho. Somente após esse exame será definido se ele retorna às atividades ou se será novamente encaminhado ao INSS com laudo de inaptidão. A empresa não pode manter o empregado afastado apenas com atestado médico particular, pois isso gera risco de limbo previdenciário e passivo trabalhista.
Espero ter ajudado.