Olá Vanita, tudo bem?
A opção do produtor rural (tributar pela comercialização ou pela folha) é definida no cadastro inicial, normalmente pelo setor de legalização/fiscal.
Depois, essa informação deve ser repassada ao DP, que aplicará corretamente na folha e no eSocial/DCTFWeb.
Se não tiver a informação no escritório, o ideal é confirmar com o cliente, pois muda toda a tributação previdenciária.
Espero ter ajudado.