Olá Camila, tudo bem?
Sim. Quando o autônomo presta serviço para uma pessoa jurídica, como no caso da igreja, o pagamento deve ser tratado como RPA. Nessa situação, a tomadora do serviço deve reter 11% de INSS do valor pago ao prestador (contribuinte individual) e também recolher 20% de INSS patronal sobre esse mesmo valor. Além disso, pode haver retenção de IRRF, caso o valor, após a dedução do INSS, se enquadre na tabela do imposto de renda. Mesmo sendo igreja, não há dispensa da contribuição previdenciária sobre pagamento a autônomos. Como você também atua como CLT, é importante observar o teto do INSS, pois a soma das contribuições não pode ultrapassar esse limite; se já houver contribuição suficiente pelo vínculo empregatício, deve-se verificar para não recolher acima do teto.
Espero ter ajudado.
