Olá Fábio
Quando uma empresa foi baixada na Receita Federal, mas o funcionário não foi desligado no eSocial, é necessário fazer uma regularização retroativa, pois para o governo o vínculo ainda consta ativo. Mesmo sem certificado digital, normalmente é possível resolver pelo e-CAC do sócio responsável (gov.br prata ou ouro) ou mediante processo digital/atendimento na Receita Federal.
O procedimento geralmente consiste em solicitar acesso ou habilitação para transmissão extemporânea dos eventos do eSocial e enviar o S-2299 com a data real da rescisão em 2020, além de possíveis fechamentos pendentes (S-1299, DCTFWeb, GFIP/SEFIP, conforme o caso). É importante anexar documentos como baixa da empresa, distrato social, dados do funcionário e TRCT, se houver. Podem existir multas e pendências previdenciárias, mas a regularização é necessária para evitar problemas no CPF do trabalhador, como inconsistências no CNIS, FGTS, aposentadoria e cruzamentos da Receita Federal.
Espero ter ajudado.