Olá Fabio, tudo bem?
Sim, precisa regularizar o vínculo e fazer o desligamento conforme o processo. E o acesso ao Empregador Web você pode recuperar com o certificado ou orientar o trabalhador a solicitar direto com a decisão judicial.
Segue link para recuperação do acesso: https://portalcidadao.dataprev.gov.br/#/trabalho/r/novo-pedido/informacao/288/empregador-web
Espero ter ajudado.