Olá Karina, tudo bem?
Esse tipo de bonificação exige cuidado. Quando está vinculada à assiduidade (não faltar ou não se atrasar), tende a ter natureza salarial, sendo o mais seguro realizar o pagamento dentro da folha, com os devidos encargos.
Existe a possibilidade de pagamento sem encargos por meio de “prêmio”, desde que seja pago por liberalidade da empresa e vinculado a desempenho superior ao esperado, sem habitualidade e sem ligação com obrigações do dia a dia.
Pagamentos “por fora”, via Pix ou mesmo em cartão benefício, não eliminam o risco. Se não estiverem dentro dos critérios legais, podem ser considerados salário em uma fiscalização ou ação trabalhista.
Espero ter ajudado.