Olá, bom dia!
A situação é bem complexa. Se ele já saiu da empresa a qual trabalhava, acredito que não consiga reverter mais essa situação.
O correto seria fazer o encerramento desse CNPJ que está no nome dele, antes de encerrar o registro em carteira, e solicitar o seguro.
O sistema vai analisar as datas de competência. Como já saiu do emprego regular e o CNPJ continuou aberto, entende-se que ele teria essa fonte de renda, e não estaria apto para receber o seguro.
Particularmente, até o momento desconheço alguém que tenha conseguido reverter situações como essa. Mas você pode tentar contato com o Ministério do Trabalho, para tentar abrir algum chamado, por exemplo.
Espero ter ajudado.